Team


Director

Prof. Alexandre Varnek


Professor Alexandre VARNEK

Head of Laboratory

Phone : +33 (0)3 68 85 15 60

e-mail  : varnek@unistra.fr

Master in ChemoInformatics

Researchers

Dr HORVATH D
Dr. Dragos HORVATH

Senior Scientist (DR2 CNRS)

Phone : +33 (0)3 68 85 13 21

e-mail :  dhorvath@unistra.fr

 

Dr MARCOU G
Dr. Gilles MARCOU

Assistant Professor

Phone : +33 (0)3 68 85 13 04

e-mail : g.marcou@unistra.fr

 

Dr Olga Klimchuk
Dr. Olga KLIMCHUK

Engineer

Phone : +33 (0)3 68 85 13 21

E-mail : o.klimchuk@unistra.fr

 

Fanny Bonachera

Dr. Fanny BONACHERA

Research Engineer (IR2 CNRS)

Phone : +33 (0)3 68 85 13 21

E-mail : f.bonachera@unistra.fr

 

Postdocs

 

Dr. Alexey ORLOV

Research project : In silico design of new solvents for gas absorption

E-mail : aorlov@unistra.fr

 

Dr. Arkadii LIN

Research project : Big Data analysis using Generative Topographic Mapping approach

E-mail : arkadiyl18@gmail.com

PhD students

ZABOLOTNA Y

Yuliana ZABOLOTNA

Research project : Chemography-based exploration of ultra-large chemical space for medicinal chemistry

E-mail : yzabolotna@unistra.fr

 

William BORT

Research project : De novo design using Deep Learning

E-mail : william.bort@etu.unistra.fr

Tagir AKHMETSHIN

Research project : Computational forward synthesis planning

E-mail : tagir.akhmetshin@etu.unistra.fr

Shamkhal BAYBEKOV

Research project : Automated generation of Chemical Structures possessing desirable properties profile using Artificial Intelligence approach

E-mail : shamkhal.baybekov@etu.unistra.fr

Maxim SHEVELEV

Research project : Molecular Modeling and Virtual Screening for Rational Design of Tubulin-Protein Interaction Modulators

E-mail : shevelev@unistra.fr

Dmitry ZANKOV

Research project : Multiple instance learning in QSAR

E-mail : dmitry.zankov@etu.unistra.fr

Helena PEREZ-PENA

Research project : Computer-aided molecular design and simulation of modulators of Tubulin-Tubulin and MAPs-Tubulin interactions

E-mail : helena.perez-pena@etu.unistra.fr

Master students

Master 2 Students

Regina PIKALOVA
Research project : Cartography of chemical space of DNA Encoded Libraries
E-mail : regina.pikalyova@etu.unistra.fr


Karina PIKALOVA
Research project : Chemical space analysis with GTM
E-mail : karina.pikalyova@etu.unistra.fr


Andrii POTURAI
Research project : Computer-aided design of selective chemical probes for angiotensin-converting enzyme 2
E-mail : andrii.poturai@etu.unistra.fr

Master 1 Students

Polina OLENEVA
Research project : Comparison of two large databases using Generative Topographic Mapping
E-mail : oleneva.polina@list.ru

Short internships

Nobuyuki MIUCHI University of Tokyo, Japon 2018-2019
Chisa HIGUCHI Université Kuyshu à Fukuoka, Japon 2018-2019
Sebastian BJÖRNSSON University of Iceland, Reykjavik, Iceland 2018-2019
Shojiro SHIBAYAMA University of Tokyo, Japon 2018-2019
Alexey ORLOV Lomonosov Moscow State University, Russia 2017
Birgit VIIRA University of Tartu, Estonia 2014-2015
Ramil NUGMANOV University of Kazan, Russia 2015
Oleg VARLAMOV University of Kazan, Russia 2015
Vasyl HURMACH University of Kyiv, Ukraine 2014

Visiting Scientists

2019

Prof. Christoph SOTRIFFER

From : Université de Wuerzburg, Germany

 

2017

Prof. Hanoch SENDEROWITZ

From : Department of Chemistry, Bar-Ilan University, Israël
  2017-2018

Dr. Elena MOKSHINA

From : A.V.Bogatsky Physico-Chemical Institute, Odessa, Ukraine

2017-2020

Dr. Črtomir PODLIPNIK

From : University of Ljubljana, Slovenia

2016

Dr. Alex NYPORKO

From : Taras Shevchenko National University of Kyiv, Ukraine

2016

Dr. Joao AIRES DE SOUSA

From : New University of Lisbon, Portugal

Dr. Thierry Langer

2015

Dr. Thierry Langer

From : University of Vienna, Austria

2013, 2015

Pavel POLISHCHUK

From : A.V.Bogatsky Physico-Chemical Institute, Odessa, Ukraine

2013

Prof Victor KUZMIN

From : A.V.Bogatsky Physico-Chemical Institute, Odessa, Ukraine

2012

Prof. Hiroshi CHUMAN

From : University of Fukuoka, Japan

Prof. Kimito Funatsu 

2010

Prof. Kimito Funatsu

From : University of Tokyo, Japan

2012-2019

Dr. Timur MADZHIDOV

From : A.M. Butlerov Institute of Chemistry, Kazan Federal University, Russia

 

Prof. Gisbert Schneider 

2009

Prof. Gisbert SCHNEIDER

From : University of Frankfurt, Germany

Prof. Alexander TROPSHA 

2009

Prof. Alexander TROPSHA

From : School of Pharmacy, University of North Carolina at Chapel

Dr. Christoph Steinbeck

2007

Dr. Christoph Steinbeck

From : University of Cologne, Germany

prof. Jurgen BAJORATH 

2007

Prof. Jürgen BAJORATH

From : Chair of Life Science Informatics, Bonn-Aachen International, Center for Information Technology, University of Bonn, Germany

prof. Igor TETKO 

2005

Prof. Igor TETKO

From : Helmholtz Zentrüm Munchen, Germany

prof. Johann GASTEIGER
 

2005

Prof. Johann GASTEIGER

From : University of Erlangen-Nürnberg , Germany

Dr. BASKIN II 2005-2020

Dr. Igor BASKIN

From : Moscow State University, Russia

 

Dr. SOLOV'EV V 2000-2019

Dr. Vitaly SOLOVYEV

From  : Institute of Physical Chemistry, Russian Academy of Sciences (Moscou), Russia

Former PhD students

 

Dr. Iuri CASCIUC

Research project : Cartographie chimique et modélisation de systèmes complexes

E-mail : yurii.kashuk@gmail.com

THESIS  : http://www.theses.fr/en/s186543

Dr. Filippo LUNGHINI

Research project : Analyse exhaustive et modèles chémoinformatiques prédictifs des données physicochimiques et (éco)toxicologiques concernées par REACH.

THESIS  : http://www.theses.fr/en/s186783

GIMADIEV T Dr. Timur GIMADIEV

Research project : Predictive models for kinetic and thermodynamic parameters of chemical reactions

E-mail : timur.gimadiev@gmail.com

THESIS  : http://www.theses.fr/en/2018STRAF007

 

Marta GLAVATSKIKH

Dr. Marta GLAVATSKIKH

Research project : Modeling and visualization of complex chemical data using local descriptors

E-mail : mvglavatskikh@gmail.com

THESIS  : http://www.theses.fr/en/2018STRAF008

 

DELOUIS G 

Dr. Grace DELOUIS

Research project : Modélisation QSPR de solvants d’intérêt technologique : les liquides ioniques et les électrolytes pour batteries Li-ion.

THESIS  : http://www.theses.fr/en/2017STRAF035

 

SIDOROV P 

Dr. Pavel SIDOROV

Research project : Analysis of the chemical space of antimalarial compounds by generative topographie mapping

E-mail : pavel.sidorov@icredd.hokudai.ac.jp

THESIS  :http://www.theses.fr/en/2017STRAF050

 

Shilva Kayastha 

Dr. Shilva KAYASTHA

Research project : New methods of multiscale chemical space analysis : visualization of structure-activity relationships and structural pattern extraction

THESIS  : http://www.theses.fr/en/2017STRAF042

  

Kirill KLIMENKO 

Dr. Kyrylo KLIMENKO

Research project : Computer-aided design of antiviral compounds

E-mail : alhimikir@gmail.com

THESIS  : http://www.theses.fr/en/2017STRAF008

 

Helena Gaspar

Dr. Héléna Alexandra GASPAR

Research project : Cartography of chemical space.

E-mail : hagaspar@yahoo.fr

THESIS  : http://www.theses.fr/en/2015STRAF030

 

Aurelie De Luca

Dr. Aurélie DE LUCA

Research project : Graphes condensés de réactions, gestion des réactions
multiples, exploration des descripteurs et application à la modélisation du
rendement.

THESIS  : http://www.theses.fr/en/2015STRAF027

Yana Sitnikova 

Gleb SITNIKOVA

Research project : Induction transfer methods, molecular fields kernels

E-mail : jsg08sun@yandex.ru

Dr. RUGGIU F
Dr. Fiorella RUGGIU

Research project : Property-enriched fragment descriptors for adaptive QSAR.

E-mail : ruggiu.fiorella@gmail.com

THESIS  : http://www.theses.fr/en/2014STRAF037

Dr. KHRISTOVA T
Dr. Tetiana KHRISTOVA

Research project : Computer-aided design of novel antithrombotic agents.

THESIS  : http://www.theses.fr/en/2013STRAF042

 

Dr. MULLER C Dr. Christophe MULLER

Research project : Structure-Activity Relationships for metabolism and toxicity.

THESIS  : http://www.theses.fr/en/2013STRAF004

 

Dr. HOFFER L
Dr. Laurent HOFFER

Research project : Développement et validation du logiciel S4MPLE : application au docking moléculaire et à l’optimisation de fragments assistée par ordinateur dans le cadre du fragment-based drug design.

THESIS  : http://www.theses.fr/en/2013STRAF020

 

Dr. OPRISIU I
Dr. Ioana OPRISIU

Research project : Modélisation QSPR de mélanges binaires non-additifs. Application au comportement azéotropique.

E-mail : ioprisiu@gmail.com

THESIS  : http://www.theses.fr/en/2012STRAF059

 

KONDRATOVITCH E
Evgeniy KONDRATOVICH

Research project : Transductive Support Vector Machines : Promising Approach to Model Small and Unbalanced Datasets

Dr. GAUDIN C
Dr. Cedric GAUDIN

Research project : L’ approche par transfert inductif des connaissances : application à la modélisation QSAR des propriétés pharmacocinétiques

THESIS  : http://www.theses.fr/en/2009STRA6039

Dr. KIREEVA N Dr. Natalia KIREEVA

Research project : Ensemble QSPR modeling of stabilities of metal : ligands complexes and melting points of ionic liquids

THESIS  : http://www.theses.fr/en/2009STRA6008

Dr. HOONAKKER F

Dr. Frank HOONAKKER

Research project : Graphes condensés de réactions, applications à la recherche par similarité, la classification et la modélisation

E-mail : fh@novalyst.com

THESIS  : http://www.theses.fr/en/2008STR13209

Thomas FLEURENTDIDIER


Dr. Thomas FLEURENTDIDIER

Research project : Étude théorique du mécanisme de la réaction d’Ing-Manske : Application à la synthèse stéréosélective du pyrazépate de méthyle

THESIS  : http://www.theses.fr/en/2007STR13188

Dr. FOURCHES D Dr. Denis FOURCHES

Thesis subject : Modeles multiples en QSAR/QSPR : developpement de nouvelles approches et leurs applications au desing in silico de nouveaux extractants de métaux, aux propriétés ADME/Tox ainsi qu’à différentes activités biologiques de molécules organiques.

THESIS  : www.theses.fr/en/2007STR13119